Часто пагубному воздействую поллютантов подвергается именно верхний, плодородный слой литосферы – педосфера. Мелкодисперсная фракция почвы, которая обладает рядом микроэлементов особенно подвержена действию загрязнения, которое в основном происходит как вторичное. На момент проведения исследование по тяжелым металлам, а также свинцу, цинку, меди, которые были зафиксированы на севере страны, было зафиксировано опасное их превышение в почве. Касаемо загрязнения поверхностных вод, еще стоит отметить, что во время промывки их русла, что происходит каждые 5 лет, река является источником опасных отходов. Опасные загрязнители оседают на пойменных учатсках в виде отложений. Это опасно не только для земли, но также животных, человека и растений произрастающих на территории. Совокупный годовой сток рек, формирующийся на территории Таджикистана, составляет 64 кубических километра, а годовой сток всех рек, протекающих через Таджикистан, достигает 80 кубических километров.