Важным элементом в сфере здравоохранения является контроль, который обеспечивает эффективность функционирования финансовой системы. Под внутренним контролем понимают систему мер, организованных руководством предприятия и осуществляемых на предприятии с целью наиболее эффективного выполнения всеми работниками своих должностных обязанностей при совершении хозяйственных операций. При этом подразумевается не только и не столько функционирование контрольно-ревизионного подразделения организации, а создание системы всеобъемлющего контроля, когда он является делом не только ревизора, а всего аппарата управления предприятия. Особое место занимает внутренний контроль движения товарно-материальных ценностей, который направлен на обеспечение сохранности активов и повышение эффективности деятельности организации в целом. Внутренний контроль обязателен для любого медицинского учреждения независимо от организационно-правовой формы, формы собственности и отраслевой принадлежности.