Система вентиляции также обеспечивает людей не только нужным количеством воздуха, но и создает нужный уровень температуры и влажности. В убежищах предусматривается два режима вентиляции: чистой вентиляции и фильровентиляции. В случае, если убежище находится в пожароопасной зоне, например, нефтеперерабатывающего предприятия или в зоне возможной загазованности активными химическими веществами, необходим третий режим — изоляции и регенерации т.е. восстановления газового состава, как это делается на подводных лодках.