Ультрафильтрационные установки также моют щелочными и кислотными моющими растворами в последовательности, указанной выше. Концентрация щелочных моющих средств при температуре 65–85°С составляет 1,0–1,5 %, кислотных — 0,5–0,9 %. Достаточно длительной мойке подвергают сушильные аппараты. Обычно проводят щелочную мойку с той же последовательностью, что указана выше, причем рециркуляция щелочного раствора при 75–80°С длится от 60 до 90 мин, а ополаскивание водой проводят до и после щелочной мойки при температуре 30°С в течение 10–15 мин.