Бактерии используют для окисления загрязнений кислород, выделяемый водорослями в процессе фотосинтеза, а также кислород из воздуха. Водоросли, в свою очередь, потребляют CO2, фосфаты и аммонийный азот, выделяемые при биохимическом разложении органических веществ. Поэтому биологические пруды обеспечивают более глубокую очистку сточных вод, чем сооружения искусственной биологической очистки.