К числу принципиальных недостатков матрицы БКГ прежде всего относится следующий: она не учитывает взаимозависимости (синергетического эффекта) отдельных видов бизнеса - если такая зависимость существует, данная матрица дает искаженные результаты. Далее следует отметить, что оценка привлекательности рынка по показателю скорости изменения объема продаж и силы позиции бизнеса по показателю рыночной доли является сильным упрощением. Скорее, по каждому этому направлению должна быть проведена многокритериальная оценка, что и делается при использовании матрицы компании General Electric (GE).