Пятую группу образуют комплексные СЭЗ. В таких зонах нет узкой специализации, они охватывают разные стороны экспортно-импортной, производственной и инновационной деятельности, отчего их внутренняя структура наиболее сложна. Как правило, комплексные СЭЗ и по размерам значительно больше других. Они могут занимать территорию целого района, административной области, а в отдельных случаях и более крупного региона.