Более того, система санкин котай повлияла на политические изменения в княжествах: регулярно отсутствующие даймё, предпочитавшие изящество и роскошь Эдо домашней деревенской жизни, стали номинальными правителями своих же собственных земель, способствуя дальнейшей бюрократизации в системе управления княжеств. Санкин котай стала настолько узнаваемым символом эпохи сёгуната Токугава, что эти процессии и по сей день разыгрываются для туристов во многих японских городах.