Кроме того, впервые в истории российского законодательства в кодексе систематизировано описание государственных преступлений и определен порядок их рассмотрения. Этим преступлениям был придан политический характер, квалифицируемый как измена государю и Российскому государству. Их целью признавалось стремление самому стать государем. Военные преступления были выделены в отдельную категорию, при этом переход на сторону врага и любые формы сношения с ним считались наиболее тяжкими преступлениями. Кодекс также впервые ввел понятие умысла и наказания за него.