Преимущества криогенного сохранения микроорганизмов: малая вероятность заражения культуры, сохранение в стабильном состоянии свойств микроорганизмов, небольшие временные и материальные затраты, возможность использования замороженных культур в качестве прямого инокулята. Недостаток метода – сложная и недостаточно разработанная технология способа хранения, требуется специальное оборудование. Бактериальные культуры длительно сохраняются в морозильниках с очень низкими температурами (например, при минус 70 °С). Такой метод вполне пригоден для многих бактерий. Некоторые виды бактерий, не поддающихся лиофилизации, удается длительно сохранять в замороженном состоянии при температуре жидкого азота (минус 196 °С) или в его парах (минус 150 °С) в хорошо изолированных резервуарах (ультразамораживание). Многие бактерии в таких условиях не утрачивают фенотипические свойства в течение >15 лет. При хранении бактерий в жидком азоте применяют криопротекторы двух типов. К первому относятся глицерин и диметилсульфоксид (ДМС), которые легко проходят через клеточную мембрану и обеспечивают как внутриклеточную, так и внеклеточную защиту от замораживания.