Водные экосистемы играют важную роль в экологической и экономической стабильности Кыргызстана . Кыргызстан с его водными богатствами и прекрасными климатическими условиями может развивать рыбоводство в двух направлениях - тепловодном и холодноводном. Для этого необходимо осуществить строительство прудовых хозяйств, так как рассчитывать на значительное увеличение рыбной продукции в естественных водоемах не приходится вследствие низких показателей в них кормовой базы. К естественным водным экосистемам относятся реки, болота, озера. Наиболее крупные озера – Иссык-Куль, Сон-Куль, Чатыр-Куль, Сары-Челек. Иссык-Куль и Чатыр-Куль находятся в замкнутых бассейнах. Остальные принадлежат бассейну реки Сыр-Дарьи. Болота занимают незначительную площадь. Во второй половине прошлого столетия большинство их было осушено. В прошлом столетии в водоемы Кыргызстана было интродуцировано 21 инвазионных вида рыб. Некоторые из них стали промысловыми, хотя общий улов их незначителен. Были зарыблены прежде безрыбные озера Сон-Куль и Чатыр-Куль.