Главные принципы аудиторской деятельности — независимость и объективность — касаются и внутренних проверок. Однако большинство экспертов признают: абсолютная независимость при проведении процедуры внутреннего аудита едва ли достижима. Как минимум потому, что аудиторы являются сотрудниками той же компании, их карьера и профессиональное благополучие напрямую зависит от решений руководства. Кроме того, отдел внутреннего аудита, как правило, находится в подчинении у руководителя подразделения или финансового директора. И это тоже накладывает отпечаток на отношение со стороны руководителей разных уровней к тем рекомендациям, которые появятся в ходе проверки. В таких условиях внутренним аудиторам крайне сложно свободно и объективно выполнять возложенные обязанности, выражать собственное мнение без оглядки на вышестоящих руководителей.