На относительно небольшой территории присутствуют таежные, сибирские и азиатские, пустынные виды животных и растений, соседствует снежный барс и верблюд, белая куропатка и пустынная ящерица. В заповеднике водится около 350 видов птиц и около 80 видов млекопитающих, среди которых горный баран аргали, снежный барс-ирбис. Оба вида являются редчайшими животными, находящимися под угрозой исчезновения, они занесены в Красную книгу.