В правилах, составленных Филаретом, затрагивался вопрос поддержания дисциплины в монастырях. Для тех, кто нарушал дисциплину существовала система исправительных мер. Самый распространённой мерой наказания в обителях была «ставить на поклоны». Но в правилах было прописано, что данная мера не карательная, а назидательная, так как молитва это святое для каждого монашествующего. Удаление из общей трапезной от одного до несколько дней было ещё одной распространённой мерой. Особые проступки записывались в специальную книгу и, если они имели повторение, то судьбу монаха решал вышестоящий начальник. В других монастырях порядки были ещё строже. Например, архимандрит Фотий очень часто поднимал вопрос поведения монахов во время трапезы. Ему не нравилось, что монахи торопились удалить свой голод. Считал, что всякому человеку, а в особенности монаху, стоить есть не слишком сыто, не наедаться, чтобы не сотворить чревобесие. Случалось, что Фотий оставлял провинившихся монахов в специальной смиренной комнате на месяцы, разрешая выдавать к пропитанию только хлеб, квас, воду и соль. И без того питание в монастырях было очень скудным. Бедность бывало доходила до того, что инокини не имели общей трапезной и, чтобы хоть как-то прокормиться, работали на стороне, так например было в Суздальском Ризположенском женском монастыре в середине XIX века . Почти каждый монастырь ощутил на себе период расцвета и упадка. И влияние настоятеля на это обстоятельство было огромное. От хорошего настоятеля монашествующие получали вдохновение, в такую обитель охотно привлекались верующие, он способствовал возрождению традиций и прокладывал дорогу к новым. К примеру, расцвет Кириллова Новоезерского монастыря пришёлся на конец XVIII столетия. Это продолжалось до тех пор, пока архимандрит Феофан был настоятелем в нём. С уходом настоятеля на покой, от прежних традиций не осталась и следа. В своих письмах архимандрит Пимен с горечью вспоминает, издавна полюбившийся ему монастырь. Когда он туда приехал, послушники находились в нетрезвом состоянии, а сам настоятель – за подсчётом денег.