Уставом НПФ должно предусматриваться обязательное формирование попечительских советов – коллегиальных органов, выполняющих надзорные функции и обеспечивающих контроль за деятельностью НПФ. В них могут включаться и представители предприятий и организаций – вкладчиков НПФ, профсоюзов, рядовые участники или просто уважаемые люди со стороны. Как правило, квот представительства тех или иных групп не существует. Попечительские советы участвуют в предварительном утверждении годового отчета, в предварительном согласовании важнейших решений НПФ (например, изменения в правилах НПФ), в ознакомлении с деловой документацией НПФ. Оперативное управление деятельностью НПФ обычно осуществляет специально назначенный исполнительный орган – единоличный (генеральный или исполнительный директор) и/или коллегиальный (дирекция, правление). Исполнительный орган формируется советом фонда и подотчетен ему, однако степень контроля может быть различной. Оперативным контролем за деятельностью исполнительного органа НПФ занимаются ревизионные комиссии.