21 декабря 1993 года Президент России Б.Н. Ельцин подписал указ об упразднении Министерства безопасности РФ и о создании Федеральной службы контрразведки Российской Федерации (ФСК России). 3 апреля 1995 года Ельцин подписал Федеральный закон «Об органах федеральной службы безопасности в Российской Федерации», вступивший в силу 12 апреля 1995 года. В соответствии с ним ФСК была переименована в Федеральную службу безопасности Российской Федерации, при этом не проводилось организационно-штатных мероприятий, сотрудники службы (включая директора и его заместителей) оставались на своих должностях без переназначений и переаттестаций. 23 июня 1995 г. соответствующие изменения были внесены в структуру федеральных органов исполнительной власти. Этим же указом были утверждены положение о службе и структура её центрального аппарата, повторявшая структуру ФСК за некоторыми исключениями (воссоздано следственное управление, появилось управление специальных операций, секретариат преобразован в управление делами).