На внутренние воды распространяется суверенитет прибрежного государства, их правовой режим определяется прибрежным государством, которое устанавливает правила судоходства, рыболовства и связи, лоцманской проводки и буксировки, спасания и подъема затонувшего имущества и иной деятельности, а также навигационные, портовые, таможенные, санитарные, фискальные и иные правила. Непосредственно по разрешению прибрежного государства осуществляется деятельность иностранных судов, физических и юридических лиц во внутренних водах. Так же в разрешительном порядке производится заход иностранных судов в такие воды, за исключением вынужденного захода (при аварии, стихийном бедствии, для оказания срочной медицинской помощи больному). Правовой режим внутренних морских вод как части государственной территории определяется исключительно национальным законодательством, который может предусматривать разрешительный или уведомительный порядок захода в порты. Список портов, открытых для захода в них торговых судов, публикуется в "Извещениях мореплавателям". Например, в России это порта в таких городах как Игарка, Мурманск, Находка, Новороссийск, Архангельск, Охотск, Санкт-Петербург и др. Распоряжением Правительства Российской Федерации от 6 января 1997 г. № 14-р утвержден перечень морских портов, в которые разрешаются заходы судов и иных плавсредств с ядерными энергетическими установками и радиационными источниками. Такими портами являются: Владивосток, Диксон, Дудинка, Калининград, Кандалакша, Мурманск, Певек, Провидения.