Многие области исследований, от анализа окружающей среды до кримина-листики, химии и биологии, переходят к скрининговым подходам с использова-нием жидкостной хроматографии в сочетании с тандемной масс-спектрометрией (LC–MS/MS). Такой подход дает от сотен до тысяч сигналов за исследование, большинство из которых имеют неидентифицированные структуры даже после всестороннего поиска в существующих библиотеках масс-спектров, таких как NIST, MassBank, Metlin или MassBank of North America (MoNA). В целом, тан-демные масс-спектральные базы данных охватывают менее одного процента всех соединений, охватываемых Chemspider или PubChem. В качестве альтернативной стратегии для идентификации известных соединений фрагментацией in silico были разработаны программные средства, которые используются для идентификации спектров MS/MS, когда эталонный спектр MS/MS недоступен. Такие программные средства включают MetFrag, MIDAS, MAGMa, MAGMa+, MOLGEN–MS/MS, CSI:FingerID, CFM-ID, FingerID, Input output kernel regression (IOKR) и MS-Finder. Также доступен ряд коммерческих программ, таких как Mass Frontier (HighChem), MS-Fragmenter (ACD/Labs) или Molecular Structure Correlator (Agilent), но в их случае не хватает открытого доступа или прозрачности алгоритма.