В 1941 году при переправе через Неву академик Бурденко попал под бомбардировку и был контужен. Последствие оказались очень тяжелыми – одно за другим он перенес кровоизлияния в мозг, почти полностью лишился слуха. Ученый был эвакуирован в Омск. Однако Бурденко продолжал работать и на больничной койке. Как только наступило улучшение, немедленно вернулся в Москву и вновь приступил к поездкам на фронт. Бурденко Николаю Ниловичу присвоено звание Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».