Вирус клещевого энцефалита был открыт на Дальнем Востоке в 1937 г. экспедицией известного вирусолога Л. А. Зильбера, отправленной для изучения неизвестной эпидемии. Ученые определили переносчиков болезни, получили несколько штаммов возбудителя и антитела против него. Спустя пятьдесят лет, новые технологии секвенирования нуклеиновых кислот и исследования белков позволили установить структуру вируса и разработать быстрые методы его обнаружения. Впервые вирусный геном был расшифрован учеными из Сибирского отделения Академии наук СССР в команде с австрийскими исследователями [Ткачев, Власов, 2020].