Через некоторое время, в 1798 году, Павел 1 вступил в союз со своим недавним противником – Турцией в борьбе против Франции, и Федор Федорович оказался в самом центре событий, происходивших на тот момент в Средиземноморье. В походе на Архипелаг ему удалось освободить от французов такие острова, как Кефалония, Санта - Мавра, Цериго, Занте. Было взято в плен огромное количество французов, которые позже были отправлены в Константинополь. Но самым главным событием Средиземноморского похода Ф. Ушакова стало взятие важнейшей стратегической базы Франции – острова Корфу, что помогло союзникам России в дальнейших войнах с Францией.