В основе системы Парус лежит модульный принцип. Он представляет собой набор модулей для автоматизации одного из основных видов деятельности предприятия, каждый из которых работает в автономном режиме или в коллаборации с другими модулями, тем самым формируя информационное пространство предприятия. К основным модулей относятся: администратор, бухгалтерия, реализация и состав, заработная плата, персонал, менеджмент и маркетинг.