Дальнейшему развитию системы государственного и таможенного-тарифного регулирования способствовал принятый Новоторговый устав при царе Алексее Михайловиче (1667 г.), в котором условно появился первый российский таможенный тариф. Этот устав был разработан в дополнение к предыдущему, в основном, с целью защиты внутреннего рынка от иностранной конкуренции. В нем закрепился порядок таможенного обложения и положения, которые находят свое продолжение и в современном таможенном законодательстве: процедура таможенного оформления и производства таможенного контроля товаров и транспортных средств (прообраз «таможенной очистки»), наказание за нарушение таких таможенных правил как занижение таможенной стоимости или сокрытие товаров сопровождался их изъятием и др. Внешние таможенные пошлины были разделены на ввозные и отпускные, внутренние – на рублевую, перекупную и различные сборы. Упомянутые уставы действовали в основном до отмены внутренних таможен в середине XVIII в. «К началу XVIII в. в Российском государстве законодательно была закреплена единая тарифная система пошлин, что способствовало более организованному сбору таможенных доходов и решению задач таможенного оформления, что в условиях оживления торговли в начале XVIII в. обеспечило совершенствование таможенного механизма» [26, с.103]. Важное значение в истории таможенного дела имело царствование Петра I, при котором особенно эффективно заработала государственная политика протекционизма. Так, «в 1724 г. был принят первый в России таможенный тариф. Он носил ярко выраженный протекционистский характер и был направлен на стимулирование российского производителя. Ввозимые в страну товары облагались в зависимости от степени их обработанности таможенной пошлиной от 25 до 75% их стоимости. При этом сырье облагалось меньшей пошлиной, чем полуфабрикаты, а полуфабрикаты – меньшей пошлиной, чем готовые изделия. Вывозимые же из России товары облагались всего трехпроцентной пошлиной, а вывоз сырья и полуфабрикатов не допускался» [21, с. 12]. Действие тарифа способствовало сокращению притока иностранных товаров и развитию независимости отечественного рынка, однако наблюдалось снижение поступления таможенных доходов и усиливалась контрабанда. В результате этого последовало принятие нового таможенного тарифа в 1731 году, снизившего размеры ввозных таможенных пошлин и изменившего способ их начисления. Вдобавок к адвалорным ставкам устанавливались специфические (с меры или веса товаров). Новый тариф полностью отменял покровительственную систему Петра I, которая имела большое значение для зарождавшейся тогда промышленности в государстве. В ходе проведения крупной таможенной реформы в период правления Екатерины II в 1753–1754 гг. отменялись внутренние таможенные пошлины и все «мелочные сборы», а также ликвидировались внутренние таможенные границы. Была установлена единая таможенная пошлина на все ввозимые и вывозимые товары, а чтобы возместить потери казны – надбавка в размере 13 копеек с рубля стоимости.