Однако практика применения рассмотренных схем налогообложения малого бизнеса в России выявила ряд проблем. Во-первых, введение упрощенной системы налогообложения требует от региональных властей значительно меньших усилий по разработке соответствующих нормативных актов, чем введение УСН; в то же время наличие патентных платежей при применении УСН вызывает определенные трудности. Во-вторых, принудительный характер налога на вмененный доход во многом противоречит заявленной цели поддержки малого бизнеса и может быть использован как метод борьбы с уклонением от уплаты налогов, особенно среди малого бизнеса. В то же время, такая обязательная система вмененного налога усиливает процесс лоббирования как для малого бизнеса, так и для достаточно крупных собственников, контролирующих соответствующие отрасли. Ситуация усугубляется тем, что потенциальные плательщики налога сильно различаются по размеру. Соответственно, оценки потенциального (вмененного) дохода, рассчитанные по простым формулам на основе нескольких выбранных натуральных показателей предпринимательской активности, значительно отличаются от реально получаемых предприятиями и физическими лицами доходов.