В момент своего рождения как науки биологическая химия полностью сливалась с химией органической: создание методов органического анализа Лавуазье можно трактовать и как развитие химии и органического анализа, и как приложение методов химии для изучения биологических объектов. В 18 веке и первой половине 19 века сформировался конгломерат наук, заполнявших области, пограничные между химией и биологией и химией и медициной. Термин «биохимия» появился только в 1858 г. и был использован для обозначения лишь структурного фрагмента физиологии. Обширная редукционная программа, сложившаяся в физиологии, открыла путь для изучения очень сложного, многоуровневого мира живых организмов, их органов, тканей и клеток. Все большие поля своих исследований постепенно уступали биохимии физиологическая химия и медицинская химия.