Родившийся в дельте реки Нил, Мубарак окончил египетскую военную академию в Каире (1949 г.) и авиационную академию в Бильбейсе (1950 г.), получив в Советском Союзе передовой опыт полетов и бомбардировщиков. Он занимал командные должности в египетских ВВС, а с 1966 по 1969 год был директором авиационной академии. В 1972 году президентАнвар эль-Садатназначил главнокомандующего ВВС Мубарака, и в этом качестве ему приписывали успешное выступление египетских ВВС в дни открытия войны с Израилем в октябре 1973 года. Он был повышен до звания авиации Маршал в 1974 году. В апреле 1975 года Садат назвал его вице-президентом, а в последующие годы Мубарак был активен в большинстве переговоров по ближневосточной и арабской политике. Он служил главным посредником в споре между Марокко, Алжиром и Мавританией о будущем Западной (испанской) Сахары.